2001
04/24-25
本會與哈佛大學費正清中心、亞洲中心共同主辦第四屆兩岸民主研討會－「兩岸的公民社會、社會運動與民主發展」。（地點： Boston University ）
06/23-25
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第七屆「北美洲台灣研究年會」-「Seeking Taiwanese Perspectives:
Interdisciplinary Reflection and Dialogue 」
（地點： University of Washington in Seattle）
08/05
本會與國史館、行政院文建會共同主辦「蔣渭水先生逝世七十週年紀念會」，開幕式貴賓致詞：總統陳水扁、本會董事長黃煌雄、蔣渭水長子蔣松輝。
（地點： 台大醫學院）
9月
本會與行政院文建會共同主辦第一屆地方文史工作者研討會
第一場：南區，時間：9月1日-9月2日，開幕式貴賓致詞：行政院副院長賴英照、文建會副主委吳密察。
（地點： 高雄澄清湖傳習齋）
第二場：北區，時間：9月8日-9月9日，開幕式貴賓致詞：本會董事長黃煌雄、文建會主委陳郁秀、行政院政務委
員陳錦煌。（地點： 台北市劍潭活動中心）
2002
05/10-12
本會與英國倫敦政經學院亞洲研究中心共同主辦「華人世界的現代國家結構」研討會。（地點：The London School of Economis）
06/27-30
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第八屆「北美洲台灣研究年會」-「Power, Knowledge Production, and Agency: Towa- rds a Critical Taiwan Studies」。
（地點：University of Chicago）
09/06-07
舉辦「海洋與台灣」學術研討會，開幕式貴賓致詞：本會董事長黃煌雄、高雄市長謝長廷。（地點：國立科學工藝博物館）
12/28
召開第五屆第三次董事會，產生第六屆董事，董事長：曹永和。
2003
01/16
本會與台北金融研究發展基金會共同主辦「大陸台商與台灣金融業發展」研討會，開幕式貴賓致詞：本會創辦人黃煌雄、中央銀行總裁彭淮南、財政部部長林全。（地點：台大法律及社會科學學院國際會議廳）
03/01-08
舉辦「台灣研究基金會十五週年慶論壇系列」研討會（地點：台大校友會館）
03/15
舉辦台灣研究基金會十五週年慶茶會，開幕式貴賓致詞：本會創辦人黃煌雄、副總統呂秀蓮、監察院院長錢復。（地點：中泰賓館）
3月
出版『華人世界的現代國家結構』、『第一屆地方文史工作者研討會論文集』、『不畏權威、不斷追求：台灣研究基金會成立十五週年紀念專刊』
06/19-22
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第九屆「北美洲台灣研究年會」-「Changes, Continuity and Contestations in the Taiwanese Society」。
（地點：Rutgers University ）
6月
出版『海洋與台灣學術研討會論文集』【全四冊】
07/24
本會與台北金融研究發展基金會共同主辦「台商與台灣資本市場」研討會。
（地點：台大法律及社會科學院國際會議廳）
10/03-05
本會與行政院文建會共同主辦第三屆地方文史工作工作者研討會，開幕式貴賓致詞：本會創辦人黃煌雄、行政院政務委員陳其南。
（地點：南投牛耳藝術度假村）
2004
06/17-20
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第十屆「北美洲台灣研究年會」-「Taiwan Studies in Comparative
Perspectives」。
（地點：University of Hawaii at Manoa）
2005
06/02-05
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第十一屆「北美洲台灣研究年會」-「Difference, Democracy, Justice: Toward an Inclusive Taiwanese Society」。
（地點： University of Colorado at Boulder）
12/28
召開第六屆第三次董事會，產生第七屆董事，董事長：曹永和。
2006
06/03-05
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第十二屆「北美洲台灣研究年會」-「Crossing the Borders, Fostering the Future: Taiwan Studies in the Intersections」。（地點： University of California, Santa Cruz ）
08/05
本會與行政院文建會、蔣渭水文化基金會共同主辦「蔣渭水先生逝世七十五週年紀念會」，開幕式貴賓致詞：本會創辦人黃煌雄、副總統呂秀蓮、行政院長蘇貞昌、國民黨主席馬英九、文建會主委邱坤良。（地點：台北市靜修女中）
11月
出版『人民的力量－蘭陽平原的雨月四十八天』
2007
06/08-10
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第十三屆「北美洲台灣研究年會」-「Taiwan in the Nexus of 'Empires'」。（地點：University of Wisconsin- Madison）
07/09
舉辦「台灣民眾黨創立八十週年紀念座談」。本次座談為馬英九與謝長廷兩位成為朝野政黨總統候選人後首次公開對話。（地點：台大醫院國際會議中心）
2008
06/27-29
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第十四屆「北美洲台灣研究年會」-「Translating the Political, Re-envisioning the Social: What's the Next Turn for Taiwan? 」。（地點：University of Washington School of Law Seattle）
09/27
本會與蔣渭水文化基金會、政大台灣文學所、政大台灣歷史所、臺北市文化局共同主辦「第一屆蔣渭水學術研討會」。（地點：政治大學）
10月
出版『探索與實踐－台灣研究基金會二十年來的腳步』
12/28
召開第七屆第三次董事會，產生第八屆董事，董事長：吳密察。
2009
03/06-08
本會與行政院文建會共同主辦，國立暨南大學人類研究所、新故鄉文教基金會協辦第四屆「全國地方文史工作者研討會：社區營造與地方文化發展新趨勢」。
（地點：國立暨南大學人文學院國際會議廳）
04/24-25
本會與國立海洋大學共同主辦第二屆「海洋與台灣」學術研討會，馬英九總統蒞臨開幕致詞，會後並發表「台北海洋宣言」。
（地點：台北市公務人力發展中心前瞻廳）
06/26-28
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第十五屆「北美洲台灣研究年會」－「Locating Taiwan: Space, Culture and Society」。
（地點：University of Texas. Austin）
2010
06/18-20
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第十六屆「北美洲台灣研究年會」－「China Effect: Securing Taiwan in the Age of Conflicts and Cooperation」
（地點：University of Berkeley, California）
10/17
本會、國家圖書館與國父紀念館等單位共同主辦「第二屆蔣渭水學術研討會」。（地點：國家圖書館國際會議廳）
11/05-07
本會與倫敦政經學院亞洲研究中心、新加坡國立大學東亞研究所、國立中山大學逸仙社會科學研究中心共同舉辦「文明性與和平對話」國際學術研討會(Civility and Peace Dialogue)。（地點：The London School of Economis）
