1991
07/06-07
舉辦第三屆新生代論文研討會－「中台關係與台灣社會」
（地點：台大法學院國際會議廳）
11/07~12/05
舉辦「國民國家與台灣歷史」系列學術座談，共五場。（地點：耕莘文教院）
1992
02/8-10
舉辦台灣族群關係研究營，共四個營隊。（地點：木柵大春山莊）
07/04-05
舉辦第四屆新生代論文研討會－「國民國家與台灣歷史」（地點：台大思亮館）
1993
6月
出版『新生代的自我追尋－台灣學生運動文獻彙編』、『八○年代台灣學生運動史』
09/11-12
舉辦第五屆新生代論文研討會－「台灣的國家建構與資源分配」。
（地點：台大法學院國際會議廳）
12/04-05
舉辦「環境保護與產業政策」研討會（地點：台大思亮館）
12/28
召開第二屆董事第二次董事會，產生第三屆董事，董事長：黃煌雄
1994
01/08-09
本會與澄社、人本教育基金會共同主辦「全國民間教育改革」會議。
（地點：台大法學院國際會議廳及經濟研究所演講廳）
07/09-10
舉辦第六屆新生代論文研討會－「重返台灣民間社會：常民生活分析」
（地點：台大法學院國際會議廳）
12月
出版『台灣的教育與改革』、『環境保護與產業政策』
1995
01/07-08
舉辦「百年來的台灣」研討會。（地點：台大法學院國際會議廳）
01/13-14
舉辦「台灣民主的建立與鞏固」研討會。（地點：桃園大溪鎮龍珠灣度假中心）
06/02-04
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第一屆「北美洲台灣研究年會」-「History and Nationalism」。（地點：Yale University ）
06/08-10
舉辦「世界幼教趨勢與台灣本土經驗」研討會，開幕式貴賓致詞：本會董事長黃煌雄、中研院院長李遠哲、台北縣長尤清。
（地點：台北縣立文化中心演講廳）
07/08-09
舉辦第七屆新生代論文研討會－「台灣學時代」。
（地點：台大法學院國際會議廳）
1996
05/24-26
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第二屆「北美洲台灣研究年會」-「The Politics of Ethinicity and Identity」。（地點：Michigan State University）
07/05-06
舉辦第八屆新生代論文研討會－「新興國家與新新人類」。
（地點：台大法學院國際會議廳）
9月
出版『幼兒教育的實踐與展望－世界幼教趨勢與台灣本土經驗』
12/28
召開第三屆第一次董事會，產生第四屆董事，董事長：黃煌雄
1997
05/07-09
本會與哈佛大學費正清中心、亞洲中心共同主辦第一屆兩岸民主研討會－「兩岸基層選舉與政治社會變遷」。（地點：哈佛大學費正清中心）
05/23-24
舉辦第九屆新生代論文研討會－「一九九七」。
（地點：台大法學院國際會議廳）
05/30-06/01
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第三屆「北美洲台灣研究年會」-「Mapping the Terrain of Taiwan Studies」。（地點：University of California Berkeley）
1998
02/17-18
本會與哈佛大學費正清中心、亞洲中心共同主辦第二屆兩岸民主研討會－「兩岸黨國體制與民主發展」。（地點：哈佛大學費正清中心）
05/29-06/01
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第四屆「北美洲台灣研究年會」-「Putting Taiwan in Global Perspective」。
（地點：University of California Berkeley）
1999
06/04-07
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第五屆「北美洲台灣研究年會」-「Re-Imagining Political: Taiwan Facing the New Millennium」。
（地點：University of California Berkeley）
11/16-17
本會與哈佛大學費正清中心、亞洲中心共同主辦第三屆兩岸民主研討會－「民族主義與兩岸關係」
2000
06/16-19
本會與北美洲台灣研究年會共同主辦第六屆「北美洲台灣研究年會」-「Taiwan 2000: Envisioning a Pluralistic Future」（地點： Harvard University ）
12/28
召開第四屆第三次董事會，產生第五屆董事，董事長：黃煌雄
